就在唐僖宗重返长安后不久，其宠臣田令孜因为企图从河东节度使王重荣手中夺得池盐之利而与之交恶，田令孜于是联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战，王重荣自知不敌，遂派人向太原李克用求救，二人联手大败朱玫和李昌符，进逼长安。
田令孜由于神策军溃散，便带着唐僖宗于同年十二月逃到了凤翔（今陕西宝鸡）。田令孜在挟持唐僖宗逃往兴元（今汉中）失败后，又将襄王李煴挟持到长安立为皇帝，而唐僖宗则以正统为号召，又将王重荣与李克用争取过来反攻朱玫，唐僖宗也前往了兴元。
光启二年（886年）十二月，朱玫被部将王行瑜所杀，襄王李煴则被王重荣所杀，田令孜也被贬斥。次年三月，唐僖宗返京的队伍又被凤翔节度使李昌符扣押，六月天威军与李昌符火并，李昌符兵败而逃，唐僖宗这才于光启四年（888）二月回到屡遭藩镇乱兵蹂躏的长安，然而屡遭磨难的他身体也就此垮掉，回京仅一月便因病去世。
06.茂贞犯禁：李茂贞两逼长安，唐昭宗出逃终南山
在唐僖宗返回长安过程中，神策军指挥使宋文通因击败李昌符和护送唐僖宗有功，被先后加封为武定军节度使，凤翔和陇右节度使，并被赐名李茂贞，字正臣。此后，李茂贞以凤翔为中心，开始不断对外扩张，势力越来越大。
由于凤翔距离京师很近，因此李茂贞常常干预朝中事务，而朝中不少官员也纷纷投效，这让其在朝中的势力同样极大。不过，李茂贞此举却引起了刚刚即位的唐昭宗的不满，于是他下令调李茂贞任山南西道节度使，以宰相徐彦若接替凤翔节度使，但被李茂贞直接拒绝。
景福二年（893年），唐昭宗命神策军讨伐李茂贞，李茂贞击败神策军后，率兵直逼京师问罪，迫使唐昭宗赐死了宰相杜让能，李茂贞这才罢兵。
乾宁元年（894年），河中节度使王重盈去世，其子王珙与其兄王重荣之子王珂争夺节度使之位，当时河东节度使李克用支持王珂，李茂贞支持王珙，由于唐昭宗将节度使之位给了王珂，李茂贞便勾结邠宁节度使王行瑜、华州节度使韩建共同出兵攻打长安，意图迫使唐昭宗改换节度使人选。
当时，邠州节度使王行瑜想劫唐昭宗到邠州，凤翔节度使李茂贞党羽想劫唐昭宗到凤翔，长安城内一片混乱，唐昭宗出城逃奔终南山石门，幸好河东节度使李克用得知消息南下，自知不敌的李茂贞这才杀掉养子李继鹏向唐昭宗谢罪。
第五次沦陷：李茂贞兵谏（公元896年）
07.茂贞破城：李茂贞攻破长安，唐昭宗被劫持华州
为了改变被动局面，唐昭宗于乾宁元年（894年）八月从石门回到京师后，便开始招募军队，交给宗室之人统辖。结果李茂贞认为唐昭宗这是在防备自己，于是再度发兵攻打长安。
唐昭宗刚招募的军队不堪一击，还没有见到李茂贞的军队便做鸟兽散了，唐昭宗无奈之下，便打算前往太原投奔李克用，结果途中被华州节度使韩建所劫持，就此囚禁华州近三年。而李茂贞攻入长安后，纵兵大加抢掠，将许多宫殿付之一炬。
08.宦官之乱：唐昭宗流落凤翔，朱温裹挟皇帝入京
乾宁五年（898年），宣武军节度使、梁王朱温夺取洛阳，眼见朱温势力越来越大，李茂贞、韩建、李克用不得不搁置争议，联手对付朱温。于是，唐昭宗得以于乾宁五年（898年）八月回到长安，改元“光化”。
唐昭宗返回长安后，宦官与朝官之间的矛盾又开始愈演愈烈，以中尉刘季述为首的宦官更是意图废黜唐昭宗，拥立太子为帝。光化三年（900年）十一月，宦官们将唐昭宗囚禁，由于担心李茂贞、李克用等人问罪，他们又跑去求助朱温，结果朱温反倒是派人将刘季述等宦官斩杀，于次年拥立昭宗复位，唐昭宗便又改元天复。
之后，宰相崔胤为了彻底诛除宦官，又召朱温入关，朱温对此大喜过望，当率军行至河东时，朱温上书请昭宗前往洛阳，宦官韩全诲等得知消息大惊失色，连忙请李茂贞派兵驻守京城。朱温入关后先败韩建，之后兵临长安，韩全诲则连忙胁迫唐昭宗逃至凤翔。
朱温眼见皇帝跑了，连忙率兵一路追至凤翔，率兵围攻凤翔城，李茂贞坚守一年多，粮草渐渐用尽，就连唐昭宗也不得不亲自磨豆麦喝粥。天复三年（903年）正月，实在坚持不下去的李茂贞将韩全诲等二十多名宦官杀死，将他们的首级和唐昭宗一起交给了朱温，朱温便带着皇帝返回了长安。
第六次沦陷：朱温篡唐（公元904年）
09.受制朱温：唐昭宗被迫迁往洛阳，朱温诛杀李唐宗室
重返长安后不久，朱温先是斩杀了第五可范等宦官七百多人，之后为了将唐昭宗接到洛阳，担心大臣反对的他，又命养子朱友谅假托昭宗诏令，诛杀了丞相崔胤、京兆尹郑元规等人，这才上书请求昭宗迁往洛阳，唐昭宗不得不服从。
唐昭宗到达洛阳时，唐廷的六军侍卫之士，已经散亡殆尽，昭宗身边卫士及宫中之人均为朱温派来的人。即便如此，朱温仍然不放心，于是又派人将唐昭宗身边的小黄门及打球、内园小儿等二百多人全部灌醉后坑杀。
朱温迫使唐昭宗迁都洛阳后，河东李克用、凤翔李茂贞、西川王建、襄阳赵匡凝等结盟对抗朱温，朱温为了免除后顾之忧，于天祐元年（904年）八月杀死唐昭宗，改立其嫡次子、年仅十三岁的李柷为帝，是为唐哀帝。
此后，为了方便自己篡唐称帝，朱温先是于天祐二年（905年）二月杀死了李裕等昭宗九子，后又于滑州白马驿一举屠杀裴枢为首的朝臣三十多人，史称“白马驿之祸”。